由于復合調味品的品種極多，產品內在的理化性狀復雜，還有來自原材料微生物源狀況的差異，有些原料比較干凈，有的則菌數*，為了滿足保質期限的要求，就必須在滅菌時考慮本企業的設備狀況，采取不同的滅菌手段。
目前超高溫瞬時滅菌機主要的滅菌手段有如下幾種。
(1)一般加熱滅菌(釜內加熱)與熱灌裝
這是古老也是一般的加熱滅菌方法，采用的設備一般是夾層鍋、炒醬鍋、冷熱缸等設備。將溫度升至95℃～100％，保溫20min以上，然后冷卻或不冷卻灌裝，后者是與熱灌裝手段聯系起來的滅菌方式，將罐內升至100％并保溫20min以上后，不冷卻直接通過泵將料液送入儲料罐，在保溫85℃以上的情況下，通過灌裝機直接進行灌裝。
超高溫瞬時滅菌機熱灌裝的目的有兩個，一是殺滅容器內的微生物，二是排擠出容器內的空氣，使容器內形成相對的真空狀態。這種方法目前在業內運用得十分廣泛，操作簡單效率高，能滿足大部分產品的滅菌需求。
用熱灌裝方法灌裝的瓶裝產品，有時會發生瓶口處液表面的離水現象，這種現象多出現有一定黏度的產品上。分析其原因主要是由于灌裝后的料液溫度很高，接下來馬上打蓋，存于瓶蓋內側與液體表面之間(瓶口處)的熱氣在冷卻之后會形成冷凝水，由于產品本身有一定黏度，不能馬上吸收這部分水，所以看上去好像是產品本身水分的滲出。解決方法之一，可考慮采取倒置一段時間(直至基本冷卻)的方法，讓產品吸收掉這部分冷凝水，同時還能對瓶蓋進行滅菌。
(2)超高溫瞬時滅菌
這是一種使用超高溫瞬時滅菌裝置的滅菌方法。該裝置由泵、輸入料管、雙套盤管、瞬時高溫加熱器、清洗部分、出料管等組成，泵與輸入料管連接、輸入料管與雙套盤管連接，雙套盤管的管尾與瞬時高溫加熱器連接。瞬時高溫加熱器由多個直管組成，相互連接，熱源一般為蒸汽。
該類裝置的優點是封閉式加熱滅菌，糖類、氨基酸等因美拉德反應而損失的極少，顏色變化通常比一般加熱滅菌法小得多。此外，揮發性香氣成分及酒精等基本不損失，是低鹽液體復合調味料等比較理想的滅菌裝置。由于液體在通過盤管時*地增加了液體表面積，加之采用超高溫(120％～140％)，只需要數秒或數十秒的極短時間，即可將初始菌數很大液體迅速處理為兩位數上下的干凈產品。
黏度較大的醬狀產品不能用一般的超高溫瞬時滅菌裝置進行處理，必須使用適合醬狀產品滅菌的裝置進行處理。適合醬狀產品滅菌的裝置，一般是以絞龍推進式管道為特征的輸料管及高溫加熱器所組成的滅菌結構系統。
超高溫瞬時滅菌機使用完之后，必須用開水或堿性開水對整個滅菌管道進行循環沖洗，循環的時間一定要持續20min以上。長時間不用的時候，應注意設備的防銹，特別是管道內不能留有殘留物，定期用開水沖刷管道。可拆部分每次用畢都必須拆下來清洗，并將其泡入消毒液中直至下次再用時，總之一定要保持管道內的清潔和通暢。
